L'origine della Fondazione Fojanini è legata all'iniziativa dell'eminente chirurgo Prof. Giuseppe Fojanini che, in memoria del proprio genitore, donò l'azienda agricola paterna all'Università Cattolica con lo scopo di costituire in Provincia di Sondrio un centro didattico sperimentale di valenza universitaria a supporto delle coltivazioni locali e più in genere dell'agricoltura alpina.
Parteciparono a questo progetto le Istituzioni provinciali che riconobbero la necessità di garantire agli operatori un riferimento scientifico costantemente aggiornato all'evolversi del settore.
Dal concorso pubblico-privato prende avvio nel 1971 la Fondazione Dott. Piero Fojanini di Studi Superiori iniziando a produrre servizi nel settore della viticoltura e frutticoltura.
Nel 1983 il ridimensionamento dell'impegno dell'Università Cattolica determina una prima riorganizzazione della Fondazione con una partecipazione e un sostegno più incisivi degli Enti finanziatori e al tempo stesso una maggiore libertà di movimento nei rapporti con i centri di ricerca nazionali.
Da allora la Fondazione amplia il campo d'interventi e assume un'identità più marcata così da inserirsi a pieno titolo tra le stazioni sperimentali agricole dell'Arco alpino tese a proporre nei rispettivi ambienti territoriali una progressiva e continua evoluzione dell'economia agricola.